Ettan2-D DIGE荧光差异蛋白表达分析技术在传统双向电泳技术的基础上，结合了多重荧光分析的方法，在同一块胶上共同分离多个分别由不同荧光标记的样品，并次引入了内标的概念，极大地提高了结果的准确性，可靠性和重复性。在DIGE技术中，每个蛋白点都有它自己的内标，并且软件全自动根据每个蛋白点的内标对其表达量进行校准，保证所检测到的蛋白丰度变化是真实的。DIGE技术可检测到样品间小于10%的蛋白表达差异，统计学可信度达到95%以上。利用Ettan DIGE技术还可以对微量(5μg)样本进行蛋白质组学分析，例如激光捕获显微切割 (LCM)得到的样品或者很难获得的珍贵样品等。 Ettan DIGE系统包括CyDye DIGE 荧光染料，IPGphor 3/Ettan DALT 双向电泳设备；Typhoon多功能激光扫描仪和DeCyder 2D 或ImageMaster DIGE差异分析软件。CyDye DIGE 荧光染料专门为DIGE 系统设计，这些荧光标记物是分子量和电荷匹配的，具有信号强，光谱分开，吸收和发射峰窄等特点。利用IPGphor 3 进行向分离和Ettan DALT 垂直电泳仪进行第二向分离，在一块2-D 胶上同时分离多达3 个样品。Typhoon 的光学系统经过优化，在 CyDye荧光标记蛋白成像中能达到高灵敏度，并且其控制软件经过优化设计采集Ettan DIGE图像。特别开发的软件 DeCyder 2D自动化进行DIGE 结果的多重样品间的差异比较，并通过内标对每个蛋白点和每个差异进行统计学分析。该软件全自动定位和分析在一块胶中的多重样品，并进行多块胶之间的比较分析，得到精确的蛋白丰度差异变化的计算结果。ImageMaster DIGE 采用了Decyder 2D 差异分析软件中的的共找点功能，使得定量比较结果可信赖。